ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU

Utami, Arti Wahyu (2015) ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU. Masters thesis, Universitas Sebelas Maret.

[img]
Preview
PDF - Published Version
Download (126Kb) | Preview

    Abstract

    Bakteri Ice Nucleation Active (INA) adalah bakteri yang menyebabkan luka beku ( frost injury) pada tanaman. Adanya protein aktif pembentuk inti es (ice nucleation protein = INP) yang terdapat pada membran luar sel menyebabkan bakteri INA mampu menginisiasi pembentukan inti es pada suhu di atas -10ºC. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, menentukan spesies, mengetahui hubungan kekerabatan bakteri INA, dan mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu. Isolasi bakteri INA dilakukan dengan metode spread plate pada media Nutrient Agar (NA) + 2,5% gliserol dan media Kings’s B. Aktivitas nuclease ice ditentukan dengan metode tube freezing. Amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer 63f dan 1387r. Hubungan kekerabatan bakteri INA dianalisis menggunakan software MEGA 5.3. Primer yang digunakan untuk deteksi gen ina adalah primer untuk gen inaZ dari Pseudomonas syringae; gen inaA dari Erwinia ananas; gen inaW dari Pseudomonas fluorescens; gen inaX dari Xanthomonas campestris, dan primer 3076f;3463r . Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui kesamaan dan karakter dengan gen pengkristal es dari bakteri lain yang ada di Genbank NCBI. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 bakteri INA berhasil diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum. Identifikasi berdasarkan gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547, isolat C1N-1 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547 dan isolat P2N-8 memiliki kemiripan 81% dengan Pseudomonas sp. Berdasarkan pohon filogenetik menunjukkan isolat C1N-5 dan C1N-1 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. ananatis, isolat P2N-8 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. syringae. Berdasarkan analisis BLAST gen ina isolat C1N-5 dan isolat C1N-1 yang terdeteksi memiliki kemiripan 94% dengan gen penyandi protein ice nucleation Pantoea sp.SBPci Kata kunci: Bakteri Ice Nucleation Active (INA), isolasi, identifikasi, gen ina, hubungan kekerabatan, tumbuhan berdaun jarum.

    Item Type: Thesis (Masters)
    Subjects: Q Science > Q Science (General)
    Divisions: Pasca Sarjana > Magister
    Pasca Sarjana > Magister > Biosains
    Depositing User: Boby Anggit Suryawan
    Date Deposited: 03 Oct 2015 12:00
    Last Modified: 03 Oct 2015 12:00
    URI: https://eprints.uns.ac.id/id/eprint/20245

    Actions (login required)

    View Item