Identifikasi Gen Halogenase Dari Alteromonas luteoviolaceus Penghasil Antibiotik Pentabrompseudilin Secara Hibridisasi

Mulyani, Sri and Astirin, Okid Parama (2012) Identifikasi Gen Halogenase Dari Alteromonas luteoviolaceus Penghasil Antibiotik Pentabrompseudilin Secara Hibridisasi. .

[img] Microsoft Word - Published Version
Download (29Kb)

    Abstract

    Tujuan jangka panjang dari penelitian ini adalah membuktikan adanya kemiripan jalur biosintesis teresterial antibiotic pentaklorpseudilin dari Actinoplanes sp. ATCC 33002 dan marine antibiotic pentabrompseudilin dari Alteromonas luteoviolaceus. Pembuktian tersebut dilakukan secara analisis genetic dengan terlebih dahulu dilakukan isolasi biosintetic gene cluster dari pentabrompseudilin tersebut. Sementara ini petensial biosintetic gen cluster dari pentaklorpseudilin sudah diidentifikasi oleh grup penelitian Prof. Dr. K.-H. van Pee di TU Dresden, akan tetapi belum dipublikasikan (Mann, 2005). Pentaklorpseudilin dan pentabrompseudilin mempunyai struktur yang mirip dan hanya berbeda pada atom-atom halogen yang diikatnya. Hasil pembuktian ini akan memberikan tambahan informasi dan memperkaya khasanah ilmu pengetahun tentang metabolism antibiotic khususnya yang mengandung senyawa halogen, dapat sebagai acuan mekanisme obat dalam eksplorasi obat baru untuk menghadapai masalah resistensi yang akhir-akhir menjadi masalah dunia. Target khusus yang akan dicapai dalam penelitian ini adalah mengidentifikasi adanya gen halogenase dalam DNA kromosom A. luteoviolaceus pengahasil pentabrompseudilin secara hibridisasi dengan menggunakan probe DNA gen halA/B dari Actinoplanes sp. ATCC. Selanjutnya gen halogenase yang teridentifikasi diisolasi dengan menggunakan vector untuk sequencing (pBluescript SK dan pUC19). Untuk mencapai tujuan di atas, maka penelitian akan dilakukan mengikuti pendekatan dan metode yang lazim digunakan dalam penelitian molecular biologi. Tahap awal penelitian ini adalah isolasi total DNA A. luteoviolaceus dengan 2xKirby mix (Hopwood et al, 1985) dan DNA plasmid pEThalB yang mengandung gen halA/B dari Actinoplanes sp. ATCC dengan metode lisis alkali (Sambrook et al, 2001). Tahap selanjutnya adalah suothern blotting DNA kromosom yang sudah dipotong dengan enzim BamHI, Eco RI, HindIII, PstI,dan SacI ke dalam membran nitroselulosa dan dihibridisasi dengan probe DNA (halB) yang dilabel dengan DIG. Prosedur analisis Southem, pelabelan probe dengan DIG, hybridisasi, dan deteksinya dilakukan berdasarkan rekomendasi dari Roche. Untuk deteksi gen tersebut juga dilakukan dengan metode PCR. Fragment-fragment DNA A. luteoviolaceus yang memberikan signal tunggal positif selanjutnya diisolasi dan dikloning ke dalam plasmid untuk sekuensing (pBluescript SK). Penelitian ini dilakukan secara bertahap dalam dua tahun. Hasil yang sudah diperoleh dalam penelitian untuk tahun ke 2 ini adalah: (1) hibridisasi dengan menggunakan probe gen hal B dari Actinoplane sp pada suhu stringensi 65oC, 60oC, 55oC, dan 50oC signal positif hanya dideteksi pada kontrol positif sedangkan pada DNA kromosom A. luteoviolaceus tidak. Hasil analisis reference antara gen hal B itu dan DNA kromosom A. luteoviolaceus mempunyai perbedaan %G+C yang besar sehingga dengan metode hibridisasi akan kecil kemungkinannya untuk diperoleh signal positif, (2) PCR pada suhu enealing 52 – 72 oC dan suhu elongasi 68 oC dengan degenerate primer 1-for: 5’- ATC ATC GGY GGC GGC CCG GCC GG -3’ dan 4-rev: 5’- GGA GAA GAT CGG GTC GAC GAA -3’ memberikan signal pita pada ukuran sekitar 600 pb dan 1200 pb, (3) Hasil sekuensing fragmen PCR yang diklon dalam plasmid pBluescript SK belum memberikan homologi yang signifikan dengan gen halogenase, fragmen 1200 bp memberikan kemiripan 48% dengan FAD-binding 9 siderophore-interacting domain containing protein dari Shewanella baltica OS223 (YP_002356062.1) dan dari Shewanella sp. MR-7 (YP_36154.1). Mungkinkah ada harapan akan adanya FADH2 dependent halogenase. Untuk ini perlu ada penelitian lanjutan dengan design primer yang berbeda pada daerah konservnya.

    Item Type: Article
    Subjects: Q Science > Q Science (General)
    Divisions: Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat - LPPM
    Depositing User: Miranda Nur Q. A.
    Date Deposited: 08 May 2014 18:00
    Last Modified: 08 May 2014 18:00
    URI: https://eprints.uns.ac.id/id/eprint/15397

    Actions (login required)

    View Item